La mission de contrôle a couvert principalement la période de 2008 à fin juin 2010 et a permis de formuler des observations portant sur l’organisation et la gestion du patrimoine, l’administration des ressources humaines, la gestion financière et la production et la programmation.

Les travaux d’audit de la Cour des comptes ont permis de formuler des observations se rapportant aux cadres enseignants, aux espaces sportifs et aux activités sportives scolaires et universitaires.

La mission de vérification a couvert la période 2005 - Juin 2010 et a permis de relever des observations relatives à l'organisation de l'Institut et de son système d'information, à la formation de base, à la recherche scientifique, à l'infrastructure, aux équipements et à la gestion financière.

Pour évaluer la gestion de la faculté pour la période 2006-2010, la cour des comptes s’est intéressée aux volets de la formation, de la recherche, de l’organisation et du système d’information.

le rapport a porté une évaluation sur la qualité de la formation et le cadre général d'enseignement au sein de 3 facultés et sur l'employabilité des diplômés.

Les travaux de vérification ont permis de relever certains manquements dans la gestion des ressources humaines, le système d'information, la préservation des sites religieux et l'organisation des pélerinages.