Le Ministère ne tient pas une base de données exhaustives de son parc auto et il n'entreprend pas un inventaire physique annuel, ce qui explique les écarts soulevés entre les données disponibles au niveau centrale et régionale. Cette situation a engendré durant la période 2015-2019 le paiement de primes d’assurance de 5 véhicules mis à la réforme et 4 véhicules volés ce qui a entraîné des dépenses indues s'élevant à 3484 dinars jusqu’à la fin de l’année 2019 et l’omission de payement de primes d’assurance de 4 véhicules en circulation durant l’année 2018.

Le Ministère a renforcé son parc par l'acquisition de 18 véhicules dans le cadre de ses projets, cependant, aucune procédure n'a été établie afin de permettre leur enregistrement. Une telle situation peut ne pas garantir le transfert à temps de la propriété du véhicule à l'État et accentuera ainsi le risque d’abus.

La Cour des Comptes a mené une mission de contrôle ayant porté, essentiellement, sur la période de l’année 2005 à juin 2010 et a couvert le système d’information, l’exploitation, le développement de l’infrastructure des aéroports, la modernisation de leurs équipements ainsi que la gestion des concessions.

Le rapport a a révélé des dysfonctionnements dans la gestion de la société durant la période 2005-2008 portant essentiellement sur l'organisation et le système d'information, la réalisation des investissements, l'exploitation, la maintenanace, la maitrise de l'energie, la protection de l'environnement, la qualité et la sécurité.

L’examen de la gestion de la Société, durant la période allant de janvier 2004 à juin 2008, a permis de relever des observations concernant essentiellement son organisation, son système d’information, la gestion des marchés et des stocks, l’entretien du parc de bus, l’économie d’énergie et la préservation de l’environnement.