La cour des comptes a effectué une mission de contrôle sur la gestion de ces ressources humaines au niveau des services centraux du ministère et des directions régionales de Tunis2, Ben Arous et Nabeul qui a couvert principalement la période 2008-2010. Ce contrôle a révélé des anomalies et des irrégularités qui ont entaché la définition des besoins en personnel enseignant, le recrutement, la mise à niveau, la désignation du personnel dans le cadre des missions d’enseignement en Europe et la rémunération.

Pour évaluer la gestion de la faculté pour la période 2006-2010, la cour des comptes s’est intéressée aux volets de la formation, de la recherche, de l’organisation et du système d’information.

le rapport a porté une évaluation sur la qualité de la formation et le cadre général d'enseignement au sein de 3 facultés et sur l'employabilité des diplômés.

Le rapport de la Cour porte une évaluation sur le degré d'accomplissement des objectifs assignés au programme  S.I.V.P durant la période 2003-2008 et ce dans les gouvernorats de sousse, monastir, kairouan et mehdia.

Les travaux de vérification ont concerné l'ensemble des activités de l'Agence et ont permis  de relever des insuffisances se rapportant à la contribution de l’Agence à l’élaboration et à la promotion de la politique de coopération technique et au recrutement des compétences.